Kisah berawal dari Martin dan istrinya Liz (January Jones), yang baru saja tiba di Berlin untuk menghadiri sebuah konferensi bioteknologi. Saat keduanya sampai di hotel, yang juga merupakan tempat berlangsungnya konferensi, Martin menyadari bahwa ia meninggalkan koper miliknya dengan paspor di dalamnya di bandara.
Adegan film Unknown berlanjut saat Liz melakukan check-in ke hotel, Martin pun naik taksi untuk kembali ke bandara dan mengambil kopernya.
Namun di perjalanan, sebuah truk kargo mengalami kecelakaan dan menyebabkan taksi yang ditumpangi Martin jatuh ke sungai. Supir taksi tersebut, Gina (Diane Kruger), menyelamatkan Martin namun segera menghilang setelah pihak berwajib datang. Agen Domino 99 Teraman dan Terpercaya
Setelah itu, Martin mengalami koma selama empat hari. Saat terbangun, ingatannya sedikit terganggu namun ia masih teringat bahwa ia harus menghadiri sebuah konferensi bioteknologi bersama Liz.
Sesampainya di sana, ia bertemu dengan Liz, namun saat mendekatinya, Liz mengaku tak mengenal Martin dan bahwa ia telah bersama suaminya yang sebenarnya, yang juga mengaku sebagai Martin Harris (Aidan Quinn).
Baca Juga : The Grey ( 2012 )
Sejak saat itu, Martin pun berusaha menemukan Gina yang menyelamatkannya, namun pada awalnya Gina tak ingin membantu Martin karena ia memiliki resiko deportasi. Martin pun kemudian bertemu dengan seorang detektif pribadi, Ernst Jurgen (Bruno Ganz), yang percaya dengan cerita Martin.
Kini, bersama Gina, Martin menyelidiki kejadian yang sebenarnya terjadi karena ia tak kunjung ingat dengan kejadian sebelum sampai di Berlin. Martin akhirnya berhasil menghubungi salah seorang rekannya, Rodney Cole (Frank Langella), yang ia yakini dapat membantunya.
Rodney kemudian sampai di kantor Jurgen, namun rupanya Jurgen menyadari bahwa Rodney bukanlah seorang teman, sehingga ia membunuh dirinya sendiri dari pada harus memberinya informasi. Agen BandarQ Teraman dan Terpercaya
Saat Martin dan Gina mengambil koper miliknya di bandara, ia bertemu dengan Rodney. Martin pun berbicara dengan Rodney, yang membawanya masuk ke dalam mobil van, yang rupanya merupakan sebuah jebakan.
Gina yang diam-diam memperhatikan pun mengikuti Rodney yang membawa Martin dan menyelamatkan Martin. Film Unknown berakhir saat keduanya menyelamatkan diri dan setelah Rodney mati, keduanya memutuskan untuk memulai kehidupan baru sebagai Henry dan Claudia Taylor.
